4.1.5 Métodos de detección

Una gama de técnicas está disponible para detectar la presencia de bacterias anammox  en el medio ambiente.  algunos pueden ser por herramientas moleculares, análisis de lípidos, hibridación in situ fluorescente (FISH), y mediciones de la actividad.

• Las herramientas moleculares hacen uso de cebadores anammox específico en una reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Estos se utilizan para detectar el gen 16S rRNA o genes funcionales de  bacterias anammox mediante la amplificación de ADN aislado de muestras ambientales.  no son adecuados para la deteccion de bacterias anammox debido a que el gen 16S rRNA es demasiado divergente.
• a través del  análisis de los lípidos podemos detectar la presencia de bacterias anammox de la población bacteriana en un ambiente dado. Las bacterias anammox  poseen lípidos únicas que no se encuentran en ninguna otra especie y por lo tanto su detección apunta a la aparición de bacterias anammox.
• para la medicion de la actividad de las bacterias anammox se puede utilizar FISH este se utilizan isótopos estables de compuestos nitrogenados. el los cuales se marcara el amonio o nitrito dando resultado a la actividad de las bacterias anammox.